海军工程大学于1949年11月22日建立的大连海军学校机械系。1954年开始独立办学,更名为海军机械学校,是建国后第一所正规的海军军事高等院校。1963年被确定为全国重点大学,1969年从大连搬迁到武汉,1999年与原海军电子工程学院合并组建海军工程大学,被确定为全军五所综合大学之一。
学校坚持以本科教育与研究生教育为主体,学历教育与任职培训相结合。海军第一个本科专业、第一个硕士点、博士点、博士后科研流动站和全国重点学科均出自学校。学校是一所多学科、多层次、工程与管理、技术与指挥相结合的海军高等学府,是全军著名的多兵种专业类高等教育院校,是军队重要的教学科研基地。
经过七十多年的建设,学校形成了以工为主,工学、理学、管理学、军事学多门类协调发展的综合化学科环境。目前,学校有2个国家重点学科、2个国家级重点实验室,1个国家级实验教学示范中心、1个国家能源新能源接入设备研发(实验)中心。作为军队重点建设院校,学校拥有6个军队重点建设学科专业、6个军队重点实验室、7个博士后科研流动站、7个博士一级学科、5个硕士一级学科学术学位授权点和6个硕士专业学位类别,开设34个本科专业,覆盖了海军绝大部分专业领域。
学校以建设世界一流海军院校,培育一流军事人才为目标,在长期的教学实践中,形成了“严谨、求实、拼搏、创新”的校风。学校承担海军近三分之一本科和近半数研究生教育培养任务,为海军培养了10万余名高素质军事人才,走出了近百位共和国将军和6名中国工程院院士,被誉为“海军军官的摇篮”。近年来,学校有7篇论文被评为全国优秀博士学位论文。学校先后被评为军队“2110工程”整体条件建设先进院校、全军教学优秀单位、科学发展观教学先进院校和全国绿化模范单位。